《欲望格鬥2》的遊戲玩法如下：
操作方式。使用鍵盤或手柄進行操作，鍵盤操作時，Z鍵用於移動和獲取場景中的道具，X鍵用於防禦，C鍵和V鍵分別用於輕斬和重斬，箭頭鍵用於控制角色移動，手柄操作時，方向鍵用於控制角色移動，圓圈鍵用於取消，方塊鍵用於防禦，交叉鍵和方塊鍵分別用於輕斬和重斬，三角形鍵用於腳踢。
對戰方式。可以進行雙人遊戲，需要一名玩家使用手柄，另一名玩家使用鍵盤或第二個手柄，在選擇「battleVS2P」選項後，兩人各自選擇角色，然後同時按下一個攻擊鍵即可開始對戰。
連續技。包括普通連續技和強力連續技（10hit以上），普通連續技的發動方式是按住某個方向鍵不放，然後按照特定的方向鍵組合進行攻擊。
劇情選擇。遊戲中有不同的劇情路線，根據在島上的不同選擇，會遇到不同的人物，並且影響遊戲的結局，例如，選擇溪流會遇到「鉄十字學園」的御武彌生和エルフェリス京極，選擇絕壁則會遇到「聖アルカナ幻殺館」的神代紗羅和神代由羅姐妹。