死活染色原理主要基於活細胞和死細胞在生理機能和物理性質上的差異，尤其是細胞膜的通透性。以下是詳細的原理說明：
細胞膜通透性差異：
活細胞的細胞膜是一種選擇性膜，對細胞起保護和屏障作用，只允許特定的物質通過。
細胞死亡後，細胞膜受損，通透性增加，使得某些物質能夠進入細胞內部。
染色劑的作用：
台盼藍染色：台盼藍是一種陰離子型染料，不能透過完整的細胞膜。因此，它只能使死細胞著色，而活細胞不被著色。
美蘭染色：美蘭是一種大分子物質，當細胞死亡後，其細胞膜通透性降低，允許美蘭進入細胞內部，導致細胞著色。活細胞的細胞膜則不允許大分子物質通過，因此保持無色。
螢光素雙醋酸酯(FDA)：FDA能自由滲透出入完整的細胞膜。進入活細胞後，被細胞內的脂酶分解，產生有極性的、能產生螢光的物質（螢光素），該物質不能自由透過活細胞膜，積累在細胞內，使活細胞產生綠色螢光。
Calcein-AM和PI組合：Calcein-AM中的AM基團增加疏水性，以便其穿過活細胞細胞膜。進入細胞後，酯酶將其水解為Calcein留在細胞內，發出強綠色螢光。PI只能穿過死細胞的細胞膜，因此作為死細胞指示劑。
綜上所述，死活染色的原理主要利用了活細胞和死細胞在細胞膜通透性上的差異，以及特定染料對這兩種細胞的反應不同來進行區分。