《毀滅戰士3》的故事發生在《毀滅戰士》的故事之後，惡魔們被擊敗後，地球上的維度開始崩潰，惡魔們正在試圖重新占領這個世界。玩家將扮演一名被選中的戰士，進入被稱為“地獄”的維度，目的是阻止惡魔的領袖“The Beast”重新打開一個通往地球的傳送門，並摧毀人類文明。
在遊戲中，玩家可以探索一個被稱為“惡魔的殿堂”的城堡般的場景，與各種各樣的惡魔生物戰鬥，並尋找隱藏的線索和秘密。除了傳統的近戰攻擊，玩家還可以使用武器進行遠程戰鬥。此外，遊戲還引入了新的機制，如傳送門、爬行者和突變惡魔，為玩家提供了更多的挑戰和玩法。
總的來說，《毀滅戰士3》的故事是一個充滿冒險和挑戰的黑暗奇幻世界，玩家需要扮演一名勇敢的戰士，為了保護人類文明而戰鬥到底。