清洗毛毛鞋時，應避免使用刷子，因為這可能會刷掉鞋面上的絨毛。對於表面污漬，可以使用濕紙巾輕輕擦拭。如果污漬較頑固，可以將鞋子打濕，在髒處塗上肥皂，輕輕揉搓，然後用清水沖洗乾淨。對於頑固污漬，可以使用洗衣粉調水清洗，之後同樣用清水沖洗，並輕輕甩乾水分，放在陰涼通風處晾乾，避免陽光直射。
羊毛材質的毛毛鞋可以使用泡沫清洗劑進行清洗，然後用不滴水的無塵毛巾多擦洗幾遍，用潮濕的毛巾帶走污垢。清洗完成後，用毛巾蘸上中和霜再次擦拭，最後放在陰涼通風處自然陰乾。
乾洗毛毛鞋時，可以使用皮草清潔劑，將清潔泡沫噴於軟布上，順著毛毛方向擦拭，然後用乾淨毛巾吸走浮起的污漬。洗完後可用吹風機冷風吹乾，避免高溫。
水洗毛毛鞋時，可以用溫水浸泡5分鐘，用洗髮水輕輕刷洗，然後用清水沖洗乾淨，用毛巾包裹後輕輕按壓吸乾水分，放在通風處自然晾乾。
此外，還可以使用橡皮擦、粘毛器、透明膠帶、專用清潔劑和小毛刷等工具進行清潔。在晾乾過程中，可以使用吹風機順著毛毛方向吹，使毛毛更加彭松。