毛肚可以通過多種方法進行保存：
冷藏保存。將毛肚清洗乾淨後放入密封袋中，儘量排除空氣，然後將毛肚放入冰櫃冷藏室，溫度控制在0~4攝氏度。這種方法可以保存毛肚3~5天。在保存過程中，應避免毛肚與其他食物接觸，以防交叉污染，並定期檢查毛肚的新鮮度。
冷凍保存。若需長期保存，清洗並瀝乾毛肚的水分後放入密封袋中，排除空氣，然後將毛肚放入冰櫃冷凍室，溫度控制在-18攝氏度以下。這種方法可以使毛肚保存1~2個月。冷凍後的毛肚在解凍後應儘快食用，因為口感和營養價值可能會有所下降。
真空包裝保存。這種方法更為專業，可以有效延長毛肚的保質期。清洗並瀝乾毛肚後放入真空袋中，排除空氣並封口。真空包裝的毛肚在冷藏或冷凍條件下的保存時間可達6~12個月，具體保質期還受到包裝材料和保存條件的影響。
醃製保存。通過使用鹽、糖、醋等調料醃製毛肚，可以降低其水分含量，抑制微生物生長，並賦予其獨特風味。醃製後的毛肚可以保存較長時間，但需注意控制調料的比例和時間，以避免影響口感和營養價值。