氫碘酸具有多種用途。在工業上，它可用於製備高氯酸鹽、人造金剛石提純、電影膠片製造、醫藥工業、電拋光工業，以及生產砂輪和除去碳粒雜質。此外，氫碘酸還可用作氧化劑、玻璃雕刻、鑄件上的殘砂清洗、抑製發酵、電拋光、蝕刻半導體矽片（與HNO3的混合酸）、樓盤物外壁清洗等。它還是製造無機碘化物和有機碘化物的基本原料，用於醫藥衛生方面，製造各種碘製劑、殺菌劑、消毒劑、脫臭劑、鎮痛劑和放射性物質的解毒劑。
氫碘酸也用於化學和醫藥中間體、消毒劑、染料及香料的原料、分析試劑等，特別是在有機化學中作為重要的還原劑。它還可以用於測定硒、甲氧基、乙氧基的試劑，以及碘化物的製備和溶解某些酸不能溶的無機物，如鹼土金屬的硫酸鹽。
需要注意的是，氫碘酸具有強腐蝕性和強刺激性，可致人體灼傷，因此在使用時需要採取適當的安全措施。