水利工作站的主要職責包括：
宣傳和執行國家及地方的水利法律法規，如《中華人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》和《中華人民共和國防洪法》等。
組織制定轄區內的水利中、長期發展規劃和年度建設計劃。
負責轄區水資源的管理，推行取水許可證制度和水資源費徵收制度，倡導節約用水。
組織小型水利工程建設和管理，提高有效灌溉率，適應農村經濟發展需求。
做好防汛抗旱工作，合理調度水資源。
負責水利設施的安全監護維修和防汛搶險工作，及時處理隱患工程。
普及農村水利規劃設計、運行管理先進技術，推廣新的科研成果。
負責農村水利科研試點和基層水利技術推廣體系建設。
貫徹國家和省市水利工作的方針政策，研究制定水利發展戰略和計劃。
統一管理水資源，組織水長期供求計劃和水量分配方案。
指導城鎮防洪工作，負責全縣防洪工程規劃、建設與管理。
組織、指導水政監察和水行政執法，協調處理水事糾紛。
負責全縣水利建設與管理工作，組織編制水利基建項目建議書和可行性報告。
組織全縣水土保持工作，研究制定水土保持工程措施規劃，監測水土流失並綜合防治。
負責縣水利行業的科技教育工作，指導全縣水利隊伍建設。