保存水晶的方法有多種，可以根據個人的需求和偏好來選擇。以下是一些推薦的保存方法：
使用絨布袋或專門的容器。如果水晶數量不多，可以將水晶放入絨布袋，或者將水晶放入玻璃、搪瓷碟子中，也可以選擇專門設計的用於保存水晶的容器，這些容器通常具有淨化作用，確保容器的天然性，避免使用含有膠質等可能影響水晶能量的容器。
選擇合適的存放地點。水晶應放置在乾燥、乾淨的地方，遠離潮溼、灰塵和泥土。水晶硬度較大但質脆，容易刮傷或因碰撞而破碎，建議用柔軟的布料包裹水晶，或者將水晶放在不會相互碰撞的地方。
使用消磁石或自然淨化法。暫時不佩戴的水晶可以用消磁石進行消磁，或者使用月光、陽光等自然元素進行淨化。
分開保存。儘量將不同類型的水晶分開存放，避免相互碰撞或影響。
此外，還有一些特殊的保存方法，如使用海鹽浸洗法或特定星座的光芒照射法等，這些方法適用於特定的水晶或個人信仰。