水晶石的形成是一個長期且複雜的過程，通常需要幾百萬甚至幾億年的時間，並且需要特定的地質條件。以下是其形成過程：
在地殼深處，高溫的矽酸鹽熔岩（岩漿）在地質構造作用的影響下，沿著地殼薄弱地帶上升。隨著溫度和壓力的降低，岩漿開始凝固結晶，形成岩漿岩。
在岩漿結晶的後期，會殘餘大量的富含矽及揮發組分的熱液。這些富含矽的氣液流體在壓力的作用下，會沿著岩石的裂縫上升流動。隨著溫度和壓力的進一步降低，這些氣液流體將達到過飽和狀態並結晶，形成脈狀、似脈狀的偉晶岩脈及熱液脈，水晶就是在這種岩脈的晶洞中形成與生長的。
水晶石的形成還需要在很深的地底岩洞中，有流動的水，且水中含有比較豐富的二氧化矽，同時水壓要超過地球表面的兩倍以上，水溫長期保持在550度到600度之間，才能形成能量結晶體。
水晶石的形成還受到生長過程中的溫度、壓力、冷卻速度以及生長空間的影響，這些因素綜合決定了水晶石的外觀和特性。在生長過程中，經歷地震、地殼運動、火山爆發等自然現象，可能會產生冰裂、棉絮、礦坑等，這些都是正常的，不屬於瑕疵品。
總的來說，水晶石的形成是一個在特定地質條件下，經過長期且複雜的過程。