使用水晶貓砂時，應注意以下幾點：
貓砂量的調整。在貓砂盆底部鋪設約3.5厘米厚度的水晶貓砂，確保不過多也不過少，一般覆蓋底部5~8厘米的厚度較為適宜，過厚可能妨礙貓咪使用或難以清理，過少則不足以有效吸收尿液和糞便。
及時清理更換。水晶貓砂不會結團，因此在吸收水分和糞便後顏色會發生變化，當大約80%的水晶貓砂顏色變化後，應及時清理和更換，注意不可直接將使用過的水晶貓砂沖入廁所，因為它是不可溶於水的。
貓廁所的放置。選擇一個通風良好的地方放置貓廁所，遠離噪音、貓咪的進食和休息區域，這樣可以減少對貓咪上廁所的影響。
定期清理。定期將包裹著貓咪排泄物的水晶貓砂剷出並妥善處理，保持貓廁所的清潔。
補充新貓砂。在添加新貓砂前，確保貓砂盆已徹底清理並消毒，可以考慮噴灑一些去味殺菌的消毒水或放在陽光下暴曬殺菌。
此外，由於水晶貓砂具有吸濕性，應將其存放在乾燥通風的地方，以延長其使用壽命。