製作水果皮酵素的方法如下：
準備材料。常見的水果皮包括橙子皮、檸檬皮、橘子皮、柚子皮、梨子皮、蘋果皮、鳳梨皮、芒果皮、荔枝皮等，這些果皮發酵後會帶有清香。香蕉皮、西瓜皮、葡萄皮、火龍果皮、枇杷皮等也可以使用。還可以加入一些廚餘蔬菜葉子、雞蛋殼等。
準備容器。可以使用寶特瓶、飲料瓶、油桶、密封玻璃罐等。
混合材料。以一份容器為例，瓶子裡放入十分之三的果皮，十分之一紅糖（適量），七八分水。瓶子頂部要留一部分空間，蓋上蓋子。
排氣。開始的一周，每天至少擰開瓶蓋排一次氣體，慢慢擰開排氣，不然容易炸。特別怕炸的話最開始幾天瓶蓋不要擰緊，松松的蓋上就行。前期可能氣會有點多，後面慢慢沒氣了就可以把瓶蓋擰緊。
放置。將容器放置在陰涼地方，夏季一般一個月就可以，冬季時間要長很多。
判斷發酵成功。當果皮基本下沉，液體清亮紅棕色，無氣體產生，且聞到果皮清香帶著醋酸的氣味，說明發酵成功了。
腐熟後的使用。腐熟後的酵素液體肥，兌清水稀釋，酵素液10:清水100，薄肥勤施，改善土壤板結，兌水噴灑植物的葉片，還能防止「蚜蟲」「小黑飛」侵擾。酵素渣還可以放進固體堆肥里用，三明治堆肥的時候用提高堆肥成功率。