製作水果酵素的方法主要包括以下幾個步驟：
準備水果。將水果洗淨，去皮去核，切成薄片或小塊。水果的選擇可以根據個人喜好，但應避免使用相剋的水果。
加入糖和（或）蜂蜜。在罐子底層鋪一層糖（如白砂糖、冰糖或蜂蜜），然後鋪一層水果，交替進行，直至罐子八分滿。檸檬片通常放在最頂層，以起到殺菌作用。
加水和（或）其他液體。加入適量的水或其他液體（如果汁、米醋等），確保液體覆蓋所有水果。
發酵。密封容器，放在陰涼處或冰櫃內發酵。根據不同的食譜，發酵時間可能從幾天到幾個月不等。期間應定期搖動或打開蓋子讓氣體逸出。
過濾和飲用。發酵完成後，過濾去除果渣，即可飲用。一些食譜建議將酵素稀釋後飲用，如加入熱水或冷水。
在製作水果酵素時，應注意以下幾點：
使用的容器和工具應事先用沸水消毒，確保無油無水。
糖的比例可以根據個人口味調整。
根據不同的食譜和水果選擇，可能還需要添加特定的益生菌或其他成分來促進發酵過程。