水盒子原理有兩種解釋，具體如下：
一種是由抽水機、過濾器和管道組成的水上設備，其工作原理是抽水機不斷抽取水體中的水，通過過濾器對水中的雜質和污物進行過濾，以達到淨化水質的效果。在此過程中，抽水機是核心部件，它必須要有足夠的抽水力才能讓水體中的水被充分抽出。過濾器則用於對水體中的污物和雜質進行過濾，以保證水質得到有效淨化。管道則將抽出的水體導向水源，保證水能夠順暢地流動。
另一種是模擬自然界種子天然生長的裝置。它的設計靈感來源於自然界中種子通過鳥類的糞便落在大地上生長的現象。這個裝置是一個高25厘米、直徑50厘米的圓筒形聚丙烯容器，種子或幼芽被放在中空的筒腔里生長。它收集雨水和凝結水，並通過箱底的一條毛細管將水引導到植物的根部進行滴灌，同時保護植物不受風、野草以及齧齒動物的侵害。