修剪水草的方法主要有兩種，可以直接剪掉水草的頭部，適用於宮廷類、珍珠草等，或者對於需要特定造型的水草。這種方法尤其適合前景草。對於生長較慢的水草，可以保留水草頭部，修剪掉下方的根部，這樣不會影響水草的整體生長。
修剪時，可以根據需要的長度修剪支出的部分，修剪後將剪下的部分重新種植。對於後景草，如宮廷類，可以剪掉靠近水面的部分，保留底部約四五釐米的高度，然後對齊再修剪，以保持一致的長度。
首次修剪宮廷類水草時，可以在水草泥上方三四公分或五六公分的位置進行修剪。修剪後，水草會在剪斷的位置冒出新芽，使植株更加茂密。修剪鬍鬚的方法與宮廷類水草相同。新長出來的水草不會出現縮頂現象，留下一點前低後高的落差會使景觀更好看。
建議找個參照物進行修剪，以免剪得沒有形狀。修剪後，水草會從修剪平面統一長出，新芽一般是兩個。等兩週後，水草會變得更美觀。
對於已經長到水面的水草，可以直接貼根剪掉，整理好高度後再種回去。修剪後，可以補種缺失的部分，以增加密度和層次感。對於密度已經足夠的水草區域，可以直接剪碎扔掉。