水蚤可以通過無性繁殖和有性生殖交替進行的方式自然生成。它們的生成主要受到環境因素的影響，如水溫、水質、水深和周圍的水生植物等。在適宜的環境條件下，水蚤的卵可以孵化出幼蟲，幼蟲經過多次蛻皮成長爲成蟲。成蟲通過無性繁殖產生新的卵，這些新卵在適宜的環境下又可以孵化出新的水蚤。此外，水蚤也可以通過有性生殖進行繁殖，兩隻雌性和雄性的水蚤結合形成合子，合子分裂成兩個子細胞，每個子細胞都會形成新的水蚤。這種繁殖方式通常發生在夏季和秋季。
人工繁殖水蚤的方法包括在空地中挖土坑，用漂白粉浸泡消毒並暴曬一週後倒入清水，繼續暴曬半個月後施入腐熟的有機肥，再從河流中引入河水。等待一週後，土坑中就會長出水蚤。也可以利用水泥池或土坑進行培育，首先用漂白粉幹法清塘後，曝曬7天后加入0.5m深的水，再曝曬7-15天開始施肥。從池塘或小河溝中捕撈水蚤，經過清洗、消毒再投入水中。在水溫適宜情況下一般3-4天即可大量繁殖。