水蜜丸的製作方法主要包括以下幾個步驟：
藥材處理。將藥材細火烘焙或暴曬乾燥後，使用打粉機打成細粉，制丸前裝入消毒盆內備用。粉碎好的藥粉需要用不鏽鋼小篩子篩一遍，去除粗大的部分。
煉蜜。將蜂蜜倒入鍋中，用武火熬沸後改為文火慢熬，同時注意觀察蜂蜜的顏色。當蜂蜜泛黃沫，用竹筷沾上一滴蜂蜜滴入涼水中，如果蜂蜜不散開而沉底，即表示蜂蜜煉好。
調藥與和藥。將煉好的蜂蜜倒入消毒盆中的藥粉內，用粗竹筷攪拌，類似於和餃子面。邊倒蜂蜜邊調藥粉，直到基本上看不到乾藥粉，但注意不能加得太多，以免藥丸不易成形。
搓條與和丸。為避免藥團粘手或粘器具，可以在掌心塗抹少量甘油、芝痲油或花生油。然後將和好的藥團分為幾份，搓成條狀，再切成小段，每段搓成丸子。
包裝與貯藏。製成的蜜丸外形圓整光滑，表面緻密滋潤。待藥丸發汗，外表變硬後，用蠟紙、玻璃紙、塑膠袋或蠟殼等包好，存放在陰涼乾燥處。
需要注意的是，水蜜丸的製作過程中，蜂蜜與藥粉的比例、煉蜜的方法、和藥時的攪拌程度等因素都會影響最終的成品質量。