水解蛋白原理主要涉及蛋白質在特定條件下被降解為較小的多肽或胺基酸的過程。這一過程通常在蛋白酶的作用下進行，其中肽鍵被斷裂。蛋白水解（Proteolysis）在生物體內有多種用途，例如幫助消化酶降解食物中的蛋白質，為機體提供必需的胺基酸；完成翻譯後的多肽鏈需要經過水解加工才能產生具有活性的蛋白質；某些生理和細胞過程的調控也是通過蛋白質的酶解進行的；此外，蛋白酶解還可以防止細胞內不必要的或不正常的蛋白質積累。
在食品工業中，蛋白質的水解是一個重要的加工步驟，它不僅有助於提高蛋白質的溶解性，還能釋放出具有特定功能的肽段，如穀氨酸，從而增強食品的風味。例如，大豆經過發酵後，其蛋白質會被微生物產生的酶水解，釋放出大量的穀氨酸，使得醬油具有鮮香的味道。
此外，水解蛋白也被套用於特殊醫療產品，如水解蛋白奶粉，這是為了降低牛奶蛋白過敏的風險。通過水解工藝，將完整的大分子蛋白切割成小分子的蛋白甚至游離的胺基酸，從而降低其致敏性。
在醫學研究中，水解膠原蛋白被發現能夠刺激組織的修復和再生。膠原蛋白片段被證明能夠直接激活成纖維細胞和軟骨細胞，促進它們增加膠原和其他結締組織成分的產生，從而有助於減少疼痛和提高活動能力。在皮膚方面，水解膠原蛋白可以改善與年齡相關的皮膚變化，增加皮膚的水分和彈性，同時減少細紋和皺紋。