沉香和檀香主要有以下幾種區別：
本質不同。沉香是香脂，而檀香是香木。沉香是在樹木受傷後自我修復的過程中產生的，包含樹脂和木質；檀香則是一種能夠分泌帶香氣的腺脂液的樹木。
香味不同。沉香的香味屬於暗香，相對幽淡，不給予人強烈的感官刺激；而檀香的香味屬於明香，濃郁撲鼻明顯易聞。
用法不同。在用法上沉香和檀香也有很大的不同，沉香在點燃時就能立刻散發出其獨特的香氣，而檀香則需要長時間的燻燒才能完全釋放其香氣。
價格不同。檀香的價格相對較低，而沉香由於稀少和炒作的原因價格較高。
功效不同。沉香可用於止痛、放鬆肌肉、抗高血壓，有靜心定神之功效，在安撫神經方面沉香的效用比檀香好；檀香基本功效是性溫中，燻燒可殺菌消毒、防蟲等，還可以安撫神經、提神靜心。