河豚毒素主要存在於河豚的卵巢和肝臟部位。 河豚毒素的分布還涉及脾臟、眼睛、皮膚、血液等部位，值得注意的是，河豚的肌肉部位通常不含河豚毒素，但如果河豚死後，其內臟中的毒素滲透到肌肉中，則魚肉也可能含有少量毒素。