河道黑臭的原因主要包括以下幾點：
水體缺氧。當水體中的有機物含量過高時，好氧微生物分解這些有機物會大量消耗水中的氧氣，導致水體變成缺氧或厭氧狀態。在這種環境下，鐵、錳等金屬離子與硫離子反應形成硫化亞鐵、硫化錳等化合物，這些物質吸附在懸浮物顆粒上，使水體變黑。
有機物腐敗發臭。在缺氧或厭氧條件下，有機物分解產生氨、硫化氫、硫醇、有機胺和有機酸等惡臭物質。
城市排放和生活垃圾。城市排放的污水中包含部分養分，進入河流後為細菌提供了生存的可分解有機物，導致細菌過度生長，消耗大量溶解氧，造成水體缺氧。
面源污染。城市、城郊和農村的面源污染，包括直排或雨污混合的形式，也是河道黑臭的主要原因之一。
水繫結構不合理。水系不暢通，河道堵塞，導致水流流通不暢，影響水體自淨能力。
內源污染未根除。底泥沉積嚴重，污染程度遠高於上覆水體，污染物持續向上釋放。
生態系統崩潰。水體原有生物群落結構被破壞，水體自身淨化能力消失，導致有機污染物無法及時降解。
為了改善河道水質，需要採取截污治污、河道綜合整治、生態修復和科技運用等措施。