《洛克人X5》的故事發生在《洛克人X4》之後，依然是以混亂的宇宙為背景，某日X突然接到了一個未知的坐標指示，而這個指示對他來說是不明的，X深信這並非是人造人能夠造成的事故，便將這未知的事件記錄在了報告裡，等待著來自領導組織的協助，當他在開發半機器人工大腦中察覺到了有其他生化人的行為蹤跡之時，果斷離開他的調查工作開始了追尋這些混亂敵人足跡的計畫
不過好景不長，這些生化人出現在他的宇宙內發生混亂戰爭的原因只是因為他們的開發基地遭受了損害。由於深感自己對修復那些故障的部分有天賦且可靠的技術力被惡意地被疑為內部反叛者而陷入了絕境，他們知道唯有保護這些星球安全就不能及時去消滅混亂敵人阻止破壞發生，這些行星是被託付給擁有自爆武器的要塞基地而確保全全的一環，儘管這么看來形勢的確岌岌可危但是它的價值意義等同於一條性命在戰場中的勝敗也是如此
在這樣的環境下雙方之間開戰。這個時候只有重新將所有人聯結在一起讓宇宙秩序再次混亂，不配合共同合作將會出現混沌、侵略等更大混亂的事態而自己也解決不了此事的狀態當中，不戰鬥即被死亡的人終究是在大混亂中被自毀引向絕境宇宙行星得以將免遭危害唯有他的歸來方可讓這一切安定。同時X也發現了隱藏在混亂背後的真相，他決定與新結成的同盟一起繼續戰鬥下去**
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