要捕捉海皇牙，首先需要確保已經通關一週目，然後前往位於119號道路的天氣研究所。在天氣研究所，需要與二樓的研究人員對話，他會告訴你哪個地區的天氣會有較多的降雨，根據他的指引，前往指定的降雨地區。
在降雨地區，會有一箇潛水點，潛水下去後，會進入一箇山洞，海皇牙就居住在這個山洞裏。在山洞中找到海皇牙後，與他對戰並捕捉他。捕捉前記得存檔，以防捕捉失敗。
需要注意的是，海皇牙的地點並不總是在同一個地方，而是在與天氣研究所的所長說話時會告訴主角在四個地點的哪一個地方出現。如果主角不迅速趕到那裏，海之窟會消失並且同時陸之窟會出現。但是，只要擊倒或捕獲固拉多，或是繼續等待，海之窟就會重新出現。