海豚和鯨魚雖然都屬於鯨目，但它們之間存在一些明顯的區別：
體型和外觀不同。海豚通常較小，體長一般在2至4米之間，而鯨魚可以長得非常大，有的種類體長可達數十米，體重超過幾十噸。鯨魚的身體通常較爲圓滑和流線型，沒有明顯的背鰭，尾部呈扇形；相比之下，海豚的身體更爲修長，有明顯的背鰭，尾部呈半月形。
生活習性和行爲不同。鯨魚通常是遷徙性物種，會隨季節遷徙到不同的海域尋找食物或繁殖；海豚則常在固定海域活動。鯨魚的行爲相對簡單和低調，以緩慢的遊動和潛水爲主；海豚則以其靈活、機敏的游泳方式著稱，能進行高速衝刺、躍出水面或展現各種技巧和花樣。
食物種類不同。鯨魚一般以軟體動物、魚類和浮游動物爲食；海豚主要以魚類和頭足類動物爲食，虎鯨等還會捕食哺乳動物和鳥類。
物種多樣性不同。海豚是一類包括許多不同物種的羣體，如普通海豚、虎鯨、逆潛鯨等；而鯨魚在物種上相對較少。
親緣關係和生殖隔離不同。海豚是偶蹄目下齒鯨小目的一部分，與鯨魚在分類學上有較近的關係，但由於長期的演化分歧，兩者之間已形成了生殖隔離。