海豚擱淺的原因可能包括人爲因素和自身因素。人爲因素方面，船底的漆料中含有的化學物質如三丁基錫、三苯基錫等可能會對海豚造成傷害，這些化學物質可能會積攢在海豚體內，損壞其器官並影響判斷力。此外，海洋垃圾如果不慎被海豚吞下也會導致擱淺。軍事用途的聲納雷達可能會干擾鯨類的超聲波工作，大功率的聲納可能會嚇到鯨類，甚至損壞它們的感覺器官，從而可能導致擱淺。
自身因素方面，隨着年齡的增長，鯨類動物的回聲定位器官可能會老化，導致它們無法正確感知自己與同伴或獵物之間的距離，從而可能導致導航失敗而衝上海灘。此外，疾病也可能導致海豚擱淺。例如，美國伍茲霍爾海洋研究所的科學家研究了許多抹香鯨的擱淺屍體，發現它們的骨頭因爲從深海快速上升導致的壓強巨大差距而壞死。