消磁水晶碎石有多種使用方法，以下是常見的幾種方法：
碎石消磁法。將水晶碎石放入小盒子或水晶碗中，再將需要消磁的水晶放在碎石上面或埋入碎石中，保持2~3小時或一晚上。
流水消磁法。使用流動的水沖洗水晶約1分鐘，然後擦乾。
日光或月光消磁法。在月光下放置水晶一晚，或用日光但需注意某些水晶遇光可能會變色。
晶簇消磁法。使用白水晶晶簇或紫水晶晶簇等，將水晶放入晶簇中。
香薰消磁法。點燃檀香或沉香，讓水晶靠近香薰煙霧。
在使用這些方法之前，通常需要將水晶清洗乾淨，可以使用流水沖洗或鹽水浸泡，然後徹底沖洗乾淨。另外，消磁過程中應避免水晶直接暴露在強烈的光線或高溫下，以免損壞水晶。消磁結束後，可以將碎石放在通風處晾乾，或存放在乾燥、陰涼的地方。