淡水珍珠的形成過程主要發生在淡水貝類中，如蚌類。當小砂粒、寄生蟲或其他異物進入貝類的外套膜時，貝類會分泌出一種稱為「珍珠囊」的物質來包圍並保護這個異物。隨著時間的推移，珍珠囊不斷分泌珍珠質，逐漸形成珍珠。這個過程可以分為幾個階段：
核心形成階段。貝類動物的外殼受到刺激後，分泌一層珍珠質來包裹刺激物，形成珍珠的核心。
珍珠囊形成階段。貝類動物繼續分泌珍珠質來包裹核心，形成一個囊狀結構。
珍珠層形成階段。貝類動物繼續分泌珍珠質，形成多層的珍珠質，增加珍珠的大小和光澤。
大多數淡水珍珠是無核培育形成的。在培育過程中，可能從另一隻淡水蚌貝取出外套膜外沿神經組織，切成小片進行植入培育，或者植入細胞小片，這些小片與珍珠囊分泌出的珍珠質融為一體，形成無核的淡水珍珠。少數有核的淡水珍珠是通過植入淡水蚌貝貝殼小顆粒來形成的，珍珠囊不斷分泌珍珠質來覆蓋包圍外來刺激物。