淡水珍珠的瑕疵類型包括氣泡瑕疵、水紋瑕疵、凹陷瑕疵、色斑瑕疵、失圓、隆起、生長紋、後天劃痕、橘皮和顏色不均一等。其中，氣泡瑕疵是珠核表面或珠層中存在的大小不一的氣泡；水紋瑕疵是珠層表面的條紋狀透明線條；凹陷瑕疵是珠核或珠層表面的凹陷或凸起；色斑瑕疵是珠核或珠層中的彩色斑點。這些瑕疵影響了珍珠的觀賞價值和美觀度。
珍珠瑕疵度分為五級，基本無瑕、微瑕、少瑕、中瑕、重瑕，瑕疵度依次提高。珍珠的瑕疵是天然存在的證據之一，也使得每顆珍珠變得獨一無二。在選擇珍珠時，珠光是重要的考量因素，珠光強弱可分為強光、中光、弱光，強光的珍珠人臉及五官輪廓清晰可見，中光的面部輪廓清晰，五官輪廓模糊，弱光的面部輪廓模糊，五官輪廓不可見。