深圳市的研究生院主要包括以下幾所：
清華大學深圳研究生院：成立於2001年，是清華大學和深圳市合作創建的高層次人才培養基地和科技創新基地，直屬清華大學，為清華大學唯一的異地辦學機構。
深圳華中科技大學研究院：成立於2000年7月，是華中科技大學在深圳的正式代表機構，集科技開發、成果轉化、人才培養為一體的事業單位。
北京大學深圳研究生院：北京大學與深圳市政府合作創辦的，以全日制研究生教育為主的辦學實體。
上海交通大學深圳研究院：上海交通大學的有機組成部分，是科技開發、人才培養和高新技術產業基地。
廈門大學深圳研究院：經深圳市人民政府批準設立的副廳級事業機構，福建省外最重要的產、學、研基地。
哈爾濱工業大學深圳研究生院：由哈爾濱工業大學與深圳市政府合作創辦的以培養研究生層次人才為主的辦學實體。
南京大學深圳研究院：南京大學直屬機構，經國家編制委員會核準的事業單位法人，主要從事教育培訓和科技研究及開發工作。
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