深圳通卡的充值可以通過以下幾種方式進行：
深圳通APP充值。可以在深圳通APP的普卡商城中選購卡片，或者使用帶有NFC功能的安卓手機或iPhone 8及以上型號的手機，通過深圳通APP為深圳通卡充值。
人工充值。可以前往深圳通六個客服網點、捷運沿線站點客服中心、中國郵政支局、貼有「深圳通」充值標識的連鎖便利店（如7-11、美宜佳、百里臣、百里匯等）進行人工充值。
自助終端機充值。可以在全市所有銀行營業網點的銀聯「易辦事」自助終端機使用借記卡充值，或在捷運站點布設的銀聯「易辦事」自助終端機、捷運站點的「深圳通自助售卡充值」終端機進行充值。
24小時自助充值。可以在捷運沿線、公共場所、銀行網點的自助充值機進行充值。
網上充值。可以通過嘟嘟寶網上充值、鵬淘APP充值等方式進行充值。
此外，深圳通卡的充值額度有最低和最高限制，首次充值最低限額為50元，每次充值額為50元整數倍，儲值額最高不得超過1000元。