深孔板具有多種用途，主要包括：
儲存樣品。深孔板可以替代傳統的1.5ml離心管，用於儲存各種生物樣品，如DNA、RNA、蛋白質等，這種儲存方式使得樣品擺放整潔，節省空間，並且儲存量大，有些甚至可以耐受極端的溫度條件，如-80℃的低溫。
高通量篩選。在製藥和生化研究中，深孔板用於高通量篩選(HTS)，這種方法涉及在統一條件下快速測試數千至數百萬個樣品的特定活性，如酶抑制或激活。
自動化操作。深孔板與自動液體處理系統和機器人平台兼容，可以實現高通量自動液體操作，例如沉澱蛋白、液體萃取、核酸提取和純化等，這些操作大大提高了樣品處理的效率。
分光光度法和螢光研究。深孔板可以與分光光度計或讀板器配合使用，用於測量每個孔內容物的吸光度、發光或螢光，這有助於評估特定化合物的濃度或活性。
實驗支持。深孔板還用於支持各種生物學、化學、分析學等實驗和研究，如細胞培養、化學合成、蛋白質純化等。
綜上所述，深孔板是一種多功能的實驗室工具，廣泛套用於分子生物學、生物化學、藥物研發等領域。