湄公河大案的原因是多方面的，主要包括：
地理環境：湄公河流經的寮國、緬甸、泰國三國邊境交界處，地形複雜，深谷與絕壁遍布，交通不發達，導致這一地區成為了三不管地帶。這種特殊的地理環境為犯罪團伙提供了天然的庇護所。
氣候條件：該地區氣候濕潤，日照充足，土壤營養豐富，極適宜罌粟的生長，為毒品種植和販賣提供了條件。
犯罪團伙的形成：糯康等不法之徒利用這一地區的特殊地理環境及氣候條件，大量種植罌粟並製作成違禁品銷往世界各地。他們從販賣違禁品開始，逐漸組建了自己的武裝力量，從事更加嚴重的犯罪活動。
中國船員的拒絕繳納過路費：中國船員拒絕繳納過路費，引起了糯康長期的不滿，這是湄公河大案發生的直接原因之一。
泰國軍方的投誠：糯康方面劫持中國船隻並栽贓他們運送毒品，以此向泰國軍方投誠。泰國軍人假意進行檢查，以雙方交火之名對他們進行滅口，這也是案件發生的重要原因之一。
犯罪團伙的關係網：糯康在當地經營多年，通過收買當地村民、村長、基層官員及基層軍警，編制了一張較大的關係網或保護網，客觀上起到了庇護作用。
國際合作與法律執行難度：由於犯罪地點處在境外，不在中國國內，國際合作與法律執行存在難度。不同國家的制度和國家體制在銜接上可能不順暢，導致在某些細節或環節上銜接不好，可能失去戰機。
綜上所述，湄公河大案的發生是由多種因素共同作用的結果，包括特殊的地理環境和氣候條件、犯罪團伙的形成與運營、中國船員的拒絕繳費、泰國軍方的投誠、犯罪團伙的關係網以及國際合作與法律執行的難度等。