《湯姆歷險記》的主要故事是：湯姆和他的朋友哈克被困在洞中，他們的尋寶探險經歷。在洞中他們遇見了印第安人喬和哈克救出了奄奄一息的醫生。最後湯姆在山洞中找到的金幣原來並非主人財產，它原屬於波莉姨媽。故事線索是他們與神秘的印第安人喬在山洞中的鬥智鬥勇。印第安人喬讓湯姆認為他死去的父親就在洞中，誘導湯姆把探寶地圖交給他。當喬在洞中找到了金幣時，卻不知道湯姆就在洞口處，而他卻認為只有找到了地圖才能找到金幣。後來湯姆在洞中發現了金幣的真正主人——波莉姨媽的藏寶圖，經過一系列的探險，他們終於將金幣還給了主人。整個故事充滿了好奇心，勇敢冒險的孩子們以及狡猾的反派角色等元素，非常引人入勝。