使用滴灌系統時，首先需要根據種植的作物種類、生長階段和土壤條件來選擇合適的滴灌系統，如內鑲式滴灌管、貼片式滴灌帶或微噴頭等。內鑲式滴灌管適用於高大作物如果樹、葡萄，貼片式滴灌帶適用於矮小作物如蔬菜、花卉，而微噴頭適用於大田作物。接著，設計合理的滴灌方案，包括滴灌系統的布置、滴頭間距和流量等，以確保水分均勻分布。
安裝滴灌系統時，應確保管道和滴頭安裝牢固，管道鋪設平直，與水源連線處密封良好，避免漏水。使用前進行試水調試，檢查水流是否均勻、滴頭是否堵塞、管道是否有漏水現象等。
使用過程中，定期檢查和維護滴灌系統，包括檢查管道和滴頭是否有損壞、堵塞，確保水源正常，以及控制器正常工作。注意滴灌系統的使用方法，如滴頭的朝向要正確，以防水中的雜質堵塞滴灌系統。
此外，滴灌系統的一個獨特用法是滴痕栽苗法。根據株距選擇滴灌孔，如株距為20厘米，則每20厘米設定一個滴孔。放置滴灌並澆水，使水在滴孔位置產生水痕。然後在水痕位置栽苗，這樣一根滴灌管可以服務一行作物。