《口袋妖怪漆黑的魅影》一周目攻略主要包括以下幾個步驟：
遊戲開始時，玩家會從博士處了解到遊戲的世界觀，並需要選擇自己的性別和名字。
玩家從貨車下來後，會與家中的母親對話，進入新家，調整時鐘時間，然後再次與母親對話以觸發劇情。
跟隨劇情，玩家需要前往鄰居家進行拜訪。在與鄰居對話後，前往二樓調查房間中的怪獸球，這將觸發新的劇情。此時，玩家會遇到女主角小遙。
完成對話後，玩家應調查博士的背包並選擇一隻小精靈進行戰鬥，對手是一隻二級的蛇紋熊。戰鬥結束後，玩家會獲得一隻精靈並接受博士的委託去尋找小遙。
玩家需要前往研究所尋找小遙。與小遙對話後，會遇到佐羅亞並與之戰鬥。打敗佐羅亞後，跟隨小遙進行比試，之後獲得精靈圖鑑和精靈球。
出門與母親對話後，玩家會獲得風速鞋。隨後前往古辰鎮，經過橙華市，最終到達最上方的道館與父親對話。
在橙華森林中，玩家會遇到研究員大叔和水艦隊的小兵。在戰鬥勝利後，研究員大叔會送給玩家一個超級球。
進入卡那茲市後，玩家可以在pc中心獲得居合斬技能。使用此技能後，玩家可以向上走並前往道館挑戰館主。
以上步驟構成了遊戲一周目的主要流程。