潛龍諜影2的故事講述了主角喬納森·費舍爾回到了中東，在危險的暗殺和秘密行動中尋求他的復仇，揭示了一個覆蓋全球的巨大陰謀。故事的主要反派是梅特林克，一個冷酷無情的金融巨頭，也是國際秘密組織“毒蛇”的高層。梅特林克所在的“毒蛇”組織是一個龐大的犯罪網路，控制著許多國家的經濟和政治。主角喬納森在遊戲中不僅要面對外部的敵人，還要面對自己的內心掙扎和道德困境。
此外，潛龍諜影2中的女性角色也相當引人注目。其中，艾達·王是一個聰明、獨立、勇敢的女性角色，她與喬納森之間有著錯綜複雜的感情線。艾達不僅僅是一個任務夥伴，他們的關係還經歷了愛情、信任和互相支持的考驗。艾達的角色塑造為玩家提供了一個全新的視角來體驗遊戲中的冒險和動作場面。
總的來說，潛龍諜影2的故事情節複雜、引人入勝，為玩家呈現了一個充滿危險和陰謀的世界，同時也提供了豐富的角色和情感線索，使得遊戲體驗更加深入和豐富。