《火影忍者》中的反派人物包括：
宇智波斑。曾是宇智波一族的首領，實力極強，但在與千手柱間的交戰中敗北，後復活參與第四次忍界大戰，最終在發動無限月讀時被黑絕殺害。
再不斬。被稱為「鬼人」，是早期故事中的主要反派，後被鳴人感化，最終封印。
大蛇丸。木葉村的忍者，對忍術力量極度痴迷，研究禁術，造成許多犧牲，後期改邪歸正，被允許繼續研究但不傷害他人。
漩渦長門（佩恩）。原是自來也的弟子，後成為曉組織首領，企圖通過痛苦來喚醒世界的和平，最終被鳴人感化。
宇智波帶土。最初作為長門的傀儡，後成為曉組織的重要角色，夢想創造一個有琳的世界，最終為鳴人犧牲。
赤砂之蠍。砂忍者村的天才傀儡師，因父母被殺而性格扭曲，加入曉組織，後在戰鬥中自殺。
此外，《火影忍者》中的反派人物還有許多其他角色，如迪達拉等。