火影忍者故事線可以大致分成以下幾個部分：
* 漩渦鳴人篇。故事從小鳴人被決定成為「人柱力」開始，他與佐助、香燐的關係發展，到中忍考試中鳴人、佐助與第七班成員的再聚首為止。中間穿插了各種場景，如激戰佐助、與佐井的合作、營救奈良鹿丸等。
* 木葉危機篇。大蛇丸無視三代火影的禁閉，使用通靈術召喚新的敵人木葉破碎進行襲擊。此時的第七班成員除佐助外均受到重創，同時砂忍與音忍聯軍來到木葉村。
* 佐助的決裂篇。第四次忍界大戰正式開始，眾人結伴共同修行、提升自己。此時佐助因為被大蛇丸的謀略誤導，誤以為木葉破碎是被大蛇丸解放的人，因而對木葉眾人產生誤會，離開木葉村尋找鼬的真相。
* 大戰篇。眾人在戰場上合作對抗各種強敵，如宇智波斑、大筒木浦式等，同時也面對著各種內部矛盾和衝突。
* 結局篇。在經過一系列的激戰後，眾人成功打敗了大筒木一族和宇智波斑，最後宇智波鼬將真相告知佐助，兩人冰釋前嫌。而火影忍者村也因為眾人的努力，成功度過了危機，眾人也各自有了自己的發展。
以上只是大致的故事線，火影忍者故事內容豐富多彩，涉及到許多角色和事件，請注意細讀原著以了解更多細節。