三笠殺艾倫的原因是多層面的，涉及到情感、責任和使命的交織。以下是詳細的分析：
情感層面：
艾倫通過「道路」向三笠傳輸了一個平行世界的記憶，這個記憶可能是為了讓她下定決心。
艾倫知道自己只剩下四年壽命，非常牽掛三笠，希望她能夠做好心理準備，最後由三笠來砍頭，這樣艾倫也能放心離去。
責任與使命：
三笠在面對殺死艾倫的決定時，內心經歷了極大的掙扎。她最終選擇了殺死艾倫，這是因為艾倫的期望和她自己的責任感驅使她這樣做。艾倫希望三笠忘記他，而三笠則選擇記住他，並通過殺死艾倫來實現夥伴的英雄之名。
艾倫的犧牲也是為了驅逐所有的巨人力量，包括他自己，以此來消除種族隔閡和戰爭的根源。
後果：
艾倫的犧牲並沒有帶來他期望的和平。儘管巨人力量逐漸消失，但戰爭仍然持續，其他國家趁著馬萊虛弱大舉進攻。這表明艾倫的犧牲和三笠的決定並非簡單的黑白分明，而是充滿了複雜的情感和後果。
綜上所述，三笠殺艾倫的決定是基於她對艾倫的深厚情感、對夥伴的責任以及她對和平的追求。這個決定不僅改變了三笠的一生，也深刻地影響了整個故事的世界觀和未來走向。