基德知道柯南是新一的原因主要有以下幾點：
柯南的推理能力：柯南憑藉其縝密的推理能力，推理出了基德假扮小蘭的事情，這讓基德見識到了柯南的推理能力，並意識到柯南是一箇厲害的偵探。
對毛利蘭的瞭解：基德對毛利蘭的生活有一定瞭解，知道柯南在誤以爲毛利蘭赤身裸體的情況下，寧可不抓自己，也要保護毛利蘭。這表明柯南對毛利蘭來說是一箇很重要的人。
基德自己的推理：基德在多次與柯南的較量中，發現柯南每次都能化險爲夷逃避追捕，這讓他開始懷疑柯南的真實身份。
基德偷聽到的信息：在《名偵探柯南》第219集《新一VS怪盜基德》中，基德化妝爲白鳥警官，偷聽到了柯南和博士的電話內容，從而得知了柯南就是新一。
基德對柯南的稱呼：基德自己明確表達了柯南是工藤新一的意思，如直接說柯南是工藤新一，用“工藤”或“新一”稱呼柯南。
綜上所述，基德通過柯南的推理能力、對毛利蘭的瞭解、自己的推理、偷聽到的信息以及對柯南的稱呼等多箇方面，逐漸推斷出柯南的真實身份就是工藤新一。