教會分裂的原因多種多樣，主要包括以下幾點：
神學爭議：例如，東西方教會之間關於「和子說」的爭議，即聖靈來源問題的不同理解，導致了1054年的大分裂。
教宗權威的爭議：羅馬教宗強調其在全球基督教會中的至高無上的地位，而東方教會認為所有的主教在地位上都是平等的，這導致了雙方在教義問題上的分歧。
政治和文化的差異：東西方教會由於地理、政治、尤其是文化傳統方面的種種差異，逐漸在歷史的沿革中形成了兩派，長期以來圍繞著教會的最高統治權不斷發生衝突。
宗教改革運動：例如，1517年馬丁·路德的宗教改革，以及隨後的宗教戰爭，導致了基督教的進一步分裂。
以上只是教會分裂的部分原因，實際上，教會分裂的歷史原因更為複雜，涉及到的因素也更多。