蒜頭會發芽的原因主要與大蒜的生長週期和生理機制有關。大蒜是一種多年生草本植物，其鱗莖即蒜頭，含有芽眼，可以在適宜的條件下長出芽來。通常，大蒜在春季播種，秋季收穫。收穫後的大蒜會進入休眠期，這時不會發芽。休眠期過後，如果遇到合適的溫度、溼度和光照等條件，蒜頭就會開始發芽。
大蒜內部的化學反應也是發芽的原因之一。蒜頭內含有蒜氨酸，這種化合物在大蒜內部儲存時會分解爲芽氨酸，通過水分和溫度的刺激，促使大蒜髮芽。此外，大蒜對外部環境的敏感性也會影響其是否發芽。一般來說，大蒜在潮溼環境中更容易發芽，理想的溫度範圍是17°C至30°C。如果儲存溫度超過35°C，大蒜會變硬且不易發芽。
大蒜的保存時間過長、存放環境不當，如溫度過高或溼度過大，都可能促進發芽。因此，爲了抑制大蒜髮芽，可以採取一些措施，如控制存儲溫度在0℃到2℃之間，及時食用成熟後的大蒜，以及避免過久的貯存。