建立海洋保護區的目的是爲了保護海洋環境和資源，維持海洋生態系統的生產力，保護重要的生態過程和遺傳資源。這些保護區有助於保護海洋生物多樣性，防止海洋生態環境的惡化。此外，海洋保護區對於旅遊業的促進以及國際上衡量一箇國家海洋保護事業水平和文化程度也具有重要意義。大型海洋保護區的建設在全球範圍內提升了海洋保護區面積的比重，對於應對氣候變化、保護自然及文化遺產、維持大型海洋生態系統完整性和生態連通性等方面發揮着重要作用。中國作爲海洋大國，已經建立了多箇海洋保護區，但仍有進一步優化的空間，包括吸收國際經驗，優化空間佈局，以及推進深遠海區域的大型海洋保護區建設。
公海保護區的建立是一箇備受關注的問題，它不僅會影響現行的公海制度，還會影響國際海底制度。公海保護區的設立可能會限制一些海洋科技不發達國家在國際海底開展活動的權利，因此需要深入研究相關的法律制度、設計程序和保護標準。