牡丹根腐病是一種嚴重的病害，主要症狀包括根部變軟、發黑並伴有惡臭，初期根皮為黃褐色，後產生大小不一的黑斑，不斷擴大至髓部，導致肉質根散落甚至全部腐爛，僅留根皮呈管狀，地上部長勢弱，葉片枯黃。牡丹根腐病由多種病原菌混合侵染所致，主要致病優勢菌為茄腐皮鐮刀菌，不同地區致病優勢菌可能不同，且地下害蟲咬食可增加發病率。
預防牡丹根腐病的措施包括：
確保土壤排水良好，避免過度澆水。
使用健康的根莖進行繁殖。
定期修剪植株以促進空氣流通。
保持植株通風良好，避免過度澆水。
定期清理並燒掉乾枯的枝葉，以減少病菌來源。
在陽光充足、通氣透風的地方植栽，保證牡丹有足夠的陽光照射進行光合作用。
處理牡丹根腐病的方法包括：
將受感染的植株從土壤中取出，修剪掉受損的部分，並用新的健康土壤重新種植。
使用多菌靈等殺菌溶液進行消毒，剪去腐爛的根系後，用多菌靈浸泡三十分鐘，硫磺粉攪拌泥漿蘸根略乾後栽下。
更換疏鬆肥沃、排水性良好的中性或弱鹼性土壤。
遵循見乾見濕的澆水原則，施用腐熟肥料並先稀釋使用。
通過上述措施，可以有效預防和處理牡丹根腐病，保證牡丹的健康生長。