牡蠣的繁殖方式主要有兩種類型：
卵生型：在這種繁殖方式中，牡蠣將成熟的精卵排出體外，在海水中受精、孵化、發育。幼蟲在水中經過一段時間的浮游生活後，會附着在岩礁等物體上，如樂清灣海區的長牡蠣，其繁殖盛期爲6-7月。
幼生型：在這種繁殖方式中，卵子成熟後排到母體外套腔內鰓葉間受精孵化，發育到面盤幼蟲期後排到海水中進行浮游生活，然後再變態成成體進行固着生活。例如，密鱗牡蠣屬於幼生型。
在人工繁殖方式中，通常包括體外受精、幼蟲孵化、苗種放養等步驟。人工繁殖時，會從母牡蠣體內取出成熟卵細胞，再從公牡蠣體內取出精子，將卵和精子放在一起進行受精。受精後的卵細胞需要在特定的條件下進行培養才能成功孵化。幼蟲孵化後會形成牡蠣的苗種，一般在數天到數週之間，苗種會長成生物。這時候需要將苗種放入特定的海域或牡蠣桶中進行養殖。