《王國之心2》的故事線主要是圍繞著索拉與他的朋友們在“王國之心”這個奇妙世界裡冒險展開的。他們不僅要面對外部的敵人，還要面對內部的心理挑戰。故事主要分為三個部分，每個部分都圍繞著索拉和他的朋友們在不同的世界或場景中冒險展開。
第一部分講述索拉和他的朋友們進入夢之城，嘗試喚醒被夢之鏈束縛的梅爾達，並成功解救了她。第二部分是與原迪士尼角色一起進入幻想之地，展開一場戰鬥與冒險之旅，最後成功解放了這個場景。第三部分是與原迪士尼世界的角色一起對抗原大反派，最終擊敗了原大反派馬克。最後，他們發現王國之心原來是封印著一大段尚未解開的故事的關鍵所在，故事以此為契機開啟了新的篇章。
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