《王國之心 3》的故事圍繞著遊戲中的角色和他們的冒險展開。故事發生在王國之心 3 的新動畫《夢境》中，描述的是數年前的一個夢中王國，描述的是Xehanort的一系列計畫，即他用連線世界和真王國的手柄去改變所有的命運，整個故事將是一個戰鬥、和解並成為最終戰士的故事。遊戲主線為救醒愛麗絲，玩家將與眾多迪士尼角色互動，並肩作戰，如梅菲爾、蒂法妮、凱爾蓋瑞等。
此外，在《王國之心 3》中，玩家還可以通過選單來讀取其他玩家的留言，分享自己的心情和感想。同時，玩家之間也可以互相贈送遊戲道具，以提高遊戲的社交性。