王玉哲教授的著作包括：
《中國上古史綱》：這是王玉哲教授根據在南開大學歷史系講授中國上古史的講稿整理而成的，內容涵蓋原始公社制度、奴隸制度及初期封建制度的發生、發展和演變過程。
《古史集林》：王玉哲教授的另一部著作。
《中華遠古史》：由上海人民出版社出版，是中國斷代史系列之第一部，詳盡論述了中國遠古歷史從史前文明經原始社會到奴隸社會再到封建社會演變、發展的過程，尤其對夏、商、周三代的族源、地望、世系、宗法制度、繼承制度、政權形式、社會經濟及社會性質等問題的論述見解獨到，至今仍被認為是該領域的經典之作。
此外，王玉哲教授還主編了《中國古代物質文化》、《中國歷史大辭典·先秦史卷》等作品，並撰寫了百餘篇先秦史研究論文。