王菲確實演唱過日文歌曲，以下是她演唱過的日文歌曲的詳細信息：
《separate ways》：這是王菲演唱的一首日文歌曲。根據提供的信息，這是她唯一演唱過的日文歌曲。
此外，雖然王菲以中文歌曲聞名，但她也參與了一些跨文化合作，包括與中島美雪的合作。中島美雪有一首著名的歌曲《清流》，而王菲演唱了其中文版《人間》。這首歌曲在中文版和日文版中都非常受歡迎，歌詞深刻，表達了對人世間美好事物的珍視和對生活態度的反思。
綜上所述，王菲演唱過的日文歌曲是《separate ways》，並且她與中島美雪的合作展示了她在音樂上的跨文化影響力。