電影《瑜伽學院》的結局留給了觀眾許多懸念和疑問。影片中，女主角孝靜在經歷了一系列超自然事件後，最終認為自己再次見到了所謂的「鬼魂」，並在病房中自殺。孝靜的自殺引發了警員的調查，警員最終揭露了瑜伽學院背後的秘密，即院長實際上是一個練習瑜伽到高層次的人，能夠操控人的靈魂。
電影中其他角色的結局也充滿了神秘和悲劇。劉海女為了練習柔韌度而與蛇男發生關係，結果差點凍死並被扔入海中。短髮女也因為與蛇男的關係而身體虛弱，幾乎命不久矣。醬油女則達到了昆達里尼狀態，並在出來後殺死了侵犯過她的拳擊教練。
警員在調查過程中發現，孝靜所見到的所有超自然現象實際上都是藥物致幻的結果。孝靜與女模特書熙實際上只見過一次面，與佳英在畢業後也沒有再見過面。瑜伽學院的名片是鄭寶拉給孝靜的。然而，為什麼孝靜在病房中又再次見到佳英的「鬼魂」呢？這使得觀眾對瑜伽學院是否真的有鬼魂產生了疑問。
結尾時，警員揭露了男助手是瑜伽院長的情夫，而姜美妍在瑜伽學院中達到了昆達里尼狀態，並出來報復了教練。美妍的健康狀況一直正常，且在學院中並未見過蛇，這使得美妍是否被院長的「鬼魂」附身成為了一個謎。
關於手鍊的線索，孝靜偷拿或撿到了霸道女的手鍊，而霸道女認為佳英偷拿了手鍊並對她進行了校園霸凌。孝靜在瑜伽學院海邊的屍體上戴著的也是同一條手鍊。這些線索增加了電影的神秘感和懸疑色彩，使得觀眾對電影的結局充滿了想像和思考。