《生化奇兵2》故事圍繞著一對夫婦——哥倫比亞分局的一對夫婦哥倫布威爾遜（Jack）和漢密德維爾汀（Libra）展開。哥倫布威爾遜是一個半人半機械的超級英雄，而漢密德維爾汀則是一個神秘的女性，她擁有著強大的力量和意識。
故事中，他們在一座由神話和現實交織而成的城市中，面對著各種威脅和挑戰。這座城市被稱為“奇兵”，是一個由哥倫比亞分局控制的世界，其中充滿了高科技的裝置和刺激的冒險場景。他們需要在人類與怪物、現代與幻想之間的混沌中探索他們的命運和關係，以及這個世界的歷史和秘密。
然而，在這個充滿神話和幻想的城市中，哥倫布和漢密德維爾汀還要面對許多挑戰，其中包括敵人、幻覺、和其他一些超自然的力量。這些敵人來自城市內部，也是城市的混亂的產物，包括賽博暴徒、超級英雄背叛者等。他們的戰鬥是一場由真相和自我意識構成的黑暗棋盤。他們發現自己需要不斷地揭露他們所認識的人的真面目，並在所有可能性之間尋求真相。
最後，在戰鬥中經歷了一次次的犧牲後，哥倫布威爾遜最終在一場惡戰中犧牲了自己的一部分生命，挽救了城市。與此同時，漢密德維爾汀在探索她的新力量的過程中也發現了一些真相，她不僅成功地擊敗了反派角色，也在這個過程中完成了自我救贖和成長。故事最後以兩人並肩走向新的一天，為一場永無止境的冒險畫上了句號。
總的來說，《生化奇兵2》是一部結合了幻想、科幻和現實元素的深度劇情遊戲，有著令人印象深刻的視覺藝術、角色設計、和配樂。玩家可以在其中探索一座宏偉而危險的城市，面對一系列充滿挑戰的敵人和謎題，同時也深入挖掘角色的內心世界和複雜的感情。